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在他继任帮主并举行就职大典的那天，已经卸任的前任帮主汪剑通亲笔写下了一封密信。
内容是关于乔峰的身世并嘱咐还在任职的副帮主马大元等人，一旦发现乔峰有反汉的倾向，立即组织丐帮弟子造成暗杀部队进行诛杀行动以绝后患。
而乔峰担任帮主之后努力学习管理技能，并以卓绝的武功技能获得“北乔峰、南慕容”的声誉。
同时大力推行正规的帮派式管理，要求各位帮众辟除污衣改穿净衣。
到了1091年—仍在帮内担任副帮主的马大元被一名神秘的黑衣人模仿施展其所擅长的成名绝技锁喉擒拿手杀死，由于其神秘死亡导致副帮主一职因而悬空。
副帮主马大元死后不久，已经卸任的前任帮主汪剑通也在同一时间被神秘黑衣人给杀死。
此事经由丐帮弟子传出后，江湖上就传出怀疑是号称以彼之道还施彼身的神功斗转星移，姑苏慕容世家现任掌门人慕容复所为的信息。
乔峰为了追查副帮主马大元的死亡原因，亲自率领丐帮弟子远赴姑苏燕子坳慕容世家进行调查。
在远赴姑苏燕子坳的途中，乔峰遇见了与自己一见如故且后来与自己结拜为异姓兄弟即正在云游四海的大理国镇南王世子段誉。
并在姑苏燕子坳进行马大元死因调查时与段誉一起遇见了后来成为自己女人的慕容世家侍婢阿朱及作为卧底间谍潜伏在姑苏慕容世家的其姐妹阿碧。
还有因家中藏书众多而见多识广且精通天下武学但自身却不懂得使用武功的姑苏慕容世家现任掌门人慕容复表妹王语嫣与其母王夫人。
经过与段誉在姑苏燕子坳四处查探后，乔峰发现马大元之死背后藏有一个极大的阴谋。
此阴谋还与丐帮的前任帮主汪剑通留下的密信有关，乔峰为了不牵连自己新结识的好友便想尽办法骗段誉离开了姑苏燕子坳，以便自己继续在姑苏燕子坳追查汪剑通及马大元之死因。
而慕容复表妹王语嫣因心爱表哥慕容复的关系而决意要为其洗清嫌疑，故而带着慕容世家一干家将侍婢离开了燕子坳调查马大元与汪剑通之死因。
谁知在调查过程中王语嫣一行人遭到西夏一品堂的四大恶人云中鹤骚扰，段誉为了追求王语嫣而挺身而出，打算英雄救美，但却因自身没有武功而与王语嫣一起陷入危险之中。
最后大家依靠侍婢阿朱想出的计策才安全脱险，至于段誉在离开燕子坳后却因缘际会地在游历途中，于靠近大理国边境的某处山洞中，学习到天山逍遥派的轻功凌波微步与治愈系内功心法北冥神功。
但乔峰未及继续将阴谋追查下去便被杀害前任正副帮主汪剑通及马大元的神秘黑衣人陷害，在没有实际证据的情况下而被迫在四大长老于外地分舵召开的内部会议上，宣布正式辞去丐帮帮主一职。
同时因为叛徒全冠清的谋反逼宫，要与自己在姑苏四出查案时曾遇见的为自己挺身而出，协助自己查案且对自己有好感的红颜知己，即身为姑苏慕容世家侍婢的阿朱亡命天涯，以躲避丐帮众人的追杀。
同一时间慕容复也收到消息并现在丐帮的内部会议上，在会上慕容复正式宣布自己乃西夏一品堂武士李延宗的卧底身份，并否认了自己伪装成神秘黑衣人刺杀过汪剑通与马大元。
1093年—丐帮在萧峰离任帮主一职，且副帮主一职悬空而无人管理、群龙无首之际偶遇武功高强的游坦之，全冠清将其收留并立之为帮主。
同年丐帮与星宿派展开大战，游坦之因武功不济屈服于丁春秋而被丐帮帮众鄙视。
后因全冠清谋朝散位的阴谋被萧峰揭露，吴长风长老率领帮中正义之士处死全冠清，游坦之当场逃走，后被阿紫收留。
因马大元之死的线索指向少林寺方丈玄慈的关系，萧峰率领燕云十八骑一行人乔装打扮成汉人后直奔少林寺查探案情。
而段誉因追求慕容复表妹王语嫣的关系也和自己的“妹妹”一行人直奔少林寺，到达后更与其父段正淳一行人及虚竹麾下的西夏一品堂四大恶人会合，参加由神秘黑衣人召开的武林大会。
至于虚竹也在外出送英雄帖遇到在天山定居的逍遥派传人及灵鹫宫负责人，并得到天山派及灵鹫宫两派已逝世的掌门人指点武功并获其传掌门之位的奇遇后。
坚持回到少林寺修行，并得到学会各门派武功的机会，在武林大会上虚竹趁着星宿派掌门丁春秋上来少林寺乘机捣乱的机会，在灵鹫宫辖下的九天玄女部落女将协助下用生死符将其收拾得疼不欲生。
而萧峰也趁着丁春秋捣乱的机会用降龙十八掌打断了游坦之双腿，使其不能继续作恶。
在武林大会上萧峰揭开了与知道自己身世有关的人死亡的谜团，同时把当年的“带头大哥”也就是虚竹之父玄慈抓了出来。
没想到这时神秘黑衣人现在武林大会上并对外宣布了自己神秘的身份，原来这个神秘黑衣人是萧峰未死的父亲萧远山。
在公布自己身份后，萧远山揭开了江湖上许多人被害的真相并把玄慈当做了当年的主谋加以报复。
玄慈为了平息事件甘愿挺身而出承担起所有责任，在被神秘黑衣人以残忍手段进行报复后，玄慈卸去了少林方丈一职之前把虚竹开除出少林寺，并和虚竹的母亲一起在火堆中圆寂。
这时另一个神秘黑衣人也就是姑苏慕容世家的前任掌门人慕容博，突然出现场并想铲除萧远山。
一场混战过后，经过扫地僧点化后的萧远山、慕容博皈依佛门，段誉则令王语嫣看到自己对其的真心以及慕容复对其冷血凉薄不管不顾而去的天性，从而顺利将王语嫣收入怀中。
而少林寺中经过一系列变故后，众人大多受了严重的内伤，虚竹与段誉在少林寺内休养几天后跟随全部人下山离去。
